Appartenant au réseau des Écoles françaises à l’étranger, la Casa de Velázquez mène à bien ses activités sous la tutelle du ministère français de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation. La Casa de Velázquez réunit l’École des hautes études hispaniques et ibériques (EHEHI) et l’Académie de France à Madrid (AFM), respectivement dédiées à la recherche scientifique en sciences humaines et sociales et à la création artistique.

Ces deux sections travaillent de manière complémentaire et participent toutes deux des missions fondamentales de l’institution. La politique scientifique de l'établissement - centrée sur la péninsule Ibérique, le Maghreb et l’espace atlantique - se décline en programmes pluriannuels, appuyés sur des collaborations internationales qui peuvent bénéficier de financements de l’Agence nationale de la recherche ou des institutions européennes.

Dans le cadre de ses activités scientifiques, l'EHEHI conduit 6 programmes archéologiques en péninsule Ibérique et au Maroc. Menés en étroite collaboration avec les institutions locales de recherche et de conservation du patrimoine, ces programmes bénéficient pour cinq d'entre eux d'un financement du ministère de l'Europe et des Affaires étrangères. En outre, l'École apporte un appui institutionnel à 4 opérations archéologiques associées, dirigées par des chercheurs français et menées sur le territoire espagnol.